Саскэ Утиха во II части
Спустя почти 3 года после окончания действия первой части аниме Саскэ по прежнему оставался с Оротимару. В отличие от Кабуто Якуси и других подчинённых Саннина, благоговейно называвших его «Оротимару-сама», Утиха не проявлял каких-либо признаков уважения, также, как он никогда не называл Какаси Хатакэ сэнсэем. Несмотря на то, что теперь Саскэ являлся частью Селения Звука, он не носил налобную повязку, как это делали другие ниндзя.
После того как в результате секретной миссии вновь сформированная команда Сай — Сакура — Наруто под руководством Ямато оказались в одном из убежищ Оротимару, Саскэ, встретившись лицом к лицу со своими бывшими товарищами, остался к ним достаточно равнодушен, объясняя, что он разорвал все свои прежние отношения с друзьями, так как это отвлекало его от единственной цели — мести старшему брату. Завязался бой, во время которого Саскэ даже попытался убить Наруто своим новым мечом — катаной Кусанаги, однако его остановил Сай. Тогда Утиха продемонстрировал одно из своих новых дзюцу: усовершенствованное Тидори — Нагаси (Тидори, создаваемое всем телом, а не только сконцентрированное в руке). В бой вмешался Ямато, и в то же время Демон-Лис внутри Наруто стал призывать того высвободить силу бидзю. Саскэ, используя сяринган, удалось проникнуть в подсознание бывшего друга, и увидеть внутри него Девятихвостого. Появление Оротимару и Кабуто, здраво рассудивших, что ниндзя Конохи ещё могут пригодиться для уничтожения членов Акацуки, заставило Утиху остановить бой, после чего все трое скрылись.
Спустя некоторое время, тело Оротимару начало постепенно отторгаться, из-за чего Саннин вынужден был бо́льшую часть времени проводить в постели, готовясь к пересадке души в тело Саскэ. Однако Утиха, так долго лелеявший эту идею, и даже высказавший Наруто при их последней встрече мысль, что готов отдать своё тело Оротимару, лишь бы стать сильнее, решил воспользоваться этим положением. Саскэ атаковал обессиленного Саннина, утверждая, что тот больше не сможет дать ему ничего нового. Оротимару, обретя свой истинный облик гигантского белого змея, попытался провести обряд перерождения, однако не смог ничего противопоставить силе сярингана и был им поглощён.
Битва с Итати
После уничтожения Оротимару, Саскэ сформировал собственную команду, получившую название Хэби, и объявил, что её цель — убийство Итати. В неё вошли:
Суйгэцу Ходзуки — ниндзя Селения Тумана, бывший подопытный, виртуозно владеющий гигантским мечом, чья мечта завладеть оружием Кисамэ — Самэхадой.
Карин — руководить одной из баз Оротимару, способная видеть чакру, хотя и не обладающая бякуганом.
Дзюго — бывший заключённый, первоисточник проклятой печати, экспериментируя на котором, Оротимару создал свою метку.
Саскэ, так долго мечтавший об уничтожении брата, получил от Итати (с помощью теневого клона) сообщение, о том, где они смогут встретиться один на один — в одной из бывших баз клана Утиха. Перед началом боя Итати рассказал младшему брату о том, что в ночь уничтожения клана ему помогал Мадара Утиха — выживший основатель Конохи, и первый обладатель мангэкё сярингана. Во время битвы Итати пытался использовать сначала Цукуёми, а затем Аматэрасу против младшего брата, однако тому с большим трудом и используя проклятую печать Оротимару удавалось избежать серьёзных ранений. Тогда Итати использовал свою самую мощную технику — Сусаноо. Но в процессе битвы, из-за потери контроля проклятой печати, из тела Саскэ появился Оротимару и его вомьмихвостый змей. Тем не менее Итати, используя Сусаноо и легендарный меч Тоцука, удалось убить Саннина, тем самым удалив проклятую печать с шеи Саскэ. После этого Итати направился к обессиленному брату, как казалось Саскэ, чтобы извлечь его глаза для овладения вечным мангэкё, однако старший брат лишь щёлкнул младшего пальцами по лбу, как это делал в детстве, и упал замертво. Битва закончилась, наблюдавший за ней со стороны Дзэцу не мог поверить своим глазам — Итати, пусть даже и сражавшийся не в полную силу, мёртв. Обессиленный Саскэ также потерял сознание.
Саскэ пришёл в себя в одной из баз Акацуки, пещере, рядом с Тоби, изъявившем желание рассказать об Итати правду. Попытавшись представиться он снял свою маску, однако левый глаз Саскэ неожиданно активировался, направив на Мадару Аматэрасу, которое, тем не менее, не причинило ему никакого вреда. Тоби объяснил, что это защита, которую, по всей видимости вместе с другими техниками, Итати оставил младшему брату. Выяснилось, что Итати уничтожил клан по прямому приказу руководства Конохи — Дандзо, Хомуры и Кохары, при том, что Третий Хокагэ выступал против. Клан замышлял государственный переворот и для предотвращения ещё большего кровопролития, Итати было приказано истребить всех Утих. Более того Итати искренне любил своего брата, и заботился о безопасности жителей деревни, ради чего и пошёл на эту миссию. Для себя он решил, что умрёт именно от рук Саскэ, и именно поэтому сохранил ему жизнь и заставил младшего брата ненавидеть его, тем самым делая сильнее. Он продумал их бой до мелочей — избавив брата от проклятой печати Оротимару, он передал все свои техники через прикосновение пальцами.
Пережитые эмоции от потери близкого и любимого человека, поспособствовали овладению Саскэ мангэкё сярингана. Теперь, переименовав свою команду в Така, он озвучил новую цель — полное уничтожение Конохи, считая каждого её жителя виновным в смерти брата.
В составе Акацуки
Фактически став частью Акацуки, первой миссией команды «Така» стала поимка Восьмихвостого и его дзинтюрики, Киллер Би, брата Четвёртого Райкагэ. Бой сложился не в пользу команды — Киллер Би сначала с лёгкостью одолел Суйгэцу и Дзюго, а затем и серьёзно ранил Саскэ, сумевшему выжить лишь благодаря помощи Карин. Следом Киллер Би воззвал к силе своего бидзю и слился с ним в единое существо, после чего опять серьёзно ранил Саскэ. В этот раз для помощи лидеру команды Дзюго отдал ему часть своей чакры, при этом на время приобретя внешность ребёнка. Собравшись с последними силами, Саскэ активировал мангэкё сяринган и использовал Аматэрасу. Объединённый с бидзю Киллер Би забился в адской боли и часть Аматэрасу попала на Карин. Саскэ уже кровоточащими глазами сумел погасить огонь на обоих и вместе с Дзюго забрал тела лишённых чувств куноити и дзинтюрики. Однако впоследствии, при попытке членами Акацуки извлечь бидзю, оказалось, что это был лишь клон, а самому Киллер Би удалось сбежать.
Затем Мадара приказал команде «Така» отправляться на Совет пяти Кагэ. Столкнувшись с Райкагэ, Саскэ использовал Аматэрасу, из-за чего тот был вынужден отрубить свою руку. При появлении Гаары на месте битвы, Утиха использовал Сусаноо чтобы обрушить часть свода и направиться вместе с Карин к месту проведения основного собрания, где в это время члены Совета выясняли обстоятельства возможного контроля Дандзо над председателем собрания самураем Мифунэ. Исполняющему обязанности Хокагэ удалось скрыться при появлении Саскэ, чакру которого в это время подпитывал Дзэцу, высасывая её у других ниндзя. В то же время Мидзукагэ и Цутикагэ начали атаку, и вполне возможно, что Саскэ бы после этого погиб, однако его спас Мадара, перед подоспевшими Кагэ объявивший о начале Четвёртой войны синоби, после чего телепортировал Саскэ и Карин вместе с собой.
Спустя короткое время Тоби нашёл Дандзо и расправился с двумя его телохранителями, после чего перенёс для битвы с Хокагэ Саскэ и вылечившую его Карин. Дандзо высвободил правую руку, в которую, как оказалось, было имплантировано множество шяринганов, в том числе Сисуй Утихи, и попытался использовать мощнейшее дзюцу клана Утиха — Идзанаги, при котором любые реальные повреждения становились бы иллюзорными. Однако Саскэ, разгадав этот замысел, не дал ему завершить эту технику и убил своего врага, при этом ранив Карин. При появлении на месте событий Сакуры, Какаси и Наруто, Тоби телепортировал Саскэ в убежище Акацуки, а команда Какаси, в свою очередь, захватила Карин в плен.
После произошедших событий Саскэ, которому по его просьбе Мадара пересадил глаза Итати, овладел вечным мангэкё шяринганом.